Los Centros Universitarios son entes descentralizados que operan en el interior de la República, tienen carácter multidisciplinario, ya que en ellos la Universidad puede ofrecer las carreras que tiene aprobadas para cada uno de ellos.

Los Centros universitarios son dirigidos y coordinados por un Director, quien a su vez se encuentra apoyado por un cuerpo de Docentes altamente calificados y contratados a tiempo completo y hora clase.

Actualmente se cuenta con los siguientes Centros Universitarios:
   a)   Centro Universitario de Santa Ana.
   b)   Centro Universitario de Sonsonate.
   c)   Centro Universitario de San Miguel.